Поздравляю коллег (Артём Егоров, Саша Александров, Десислава Макеева, Роман Едакин, Артём Кущенко, Иван Кулаковский и других, кого нет в VK) с выходом статьи в Nucleic Acids Res! Статья, правда, получилась немного «геростратовская» :) В ней показано, что коллекцией дрожжевых нокаутов, которую сделали 20 лет назад в Стэнфорде и которой пользуются сейчас десятки тысяч лабораторий по всему миру для функциональной характеризации эукариотических генов, надо пользоваться с осторожностью, потому что примерно в каждом пятом случае там, помимо делеции нужного гена, ещё и сильно (более чем в 2 раза) дерегулирована экспрессия соседнего гена. Причина в том, что генетическая кассета KanMX (содержащая ген устойчивости к G418), которой авторы коллекции заменяли удаляемые гены, оказывает сильное влияние на весь локус - в частности, она довольно часто приводит к смещению старта транскрипции или выбору другого сайта полиаденилирования в мРНК гена, расположенного по соседству. В результате у этой мРНК изменяются 5'- и 3’-нетранслируемые области, что зачастую ведёт к подавлению её трансляции (особенно в случае, когда в удлинившуюся 5’-НТО попадают «лишние» AUG-кодоны из прилежащего региона). В итоге изменившийся фенотип такого нокаутного штамма может определяться вовсе не делецией удалённого гена, а дерегуляцией экспрессии гена-соседа - особенно если этот ген важный, а делетируемый – не очень. Скорее всего, такие эффекты могут проявляться и у других модельных организмов, у которых для нокаута используется стратегия замены гена на экспрессионную кассету с геном устойчивости.
https://doi.org/10.1093/nar/gkab872
